Im Spiel stürzt der Protagonist Jack im Jahre 1960 mit dem Flugzeug über dem Atlantik ab. Als einziger Überlebender kann er sich zu einem Leuchturm retten, der mitten im Meer zu stehen scheint. Bei dem augenscheinlichen Leuchtturm handelt es sich jedoch um den Eigang in die Stadt Rapture. Dieses Utopia auf dem Meeresboden ist die Erfindung des exzentrischen Andrew Ryan. Rapture ist bereits vor Jahrzehnten verfallen. Überall gibt es große Risse an den Wänden, die Meereswasser einströmen lassen, und zu allem Überfluss leben noch immer verrückte Bewohner in der löchrigen Unterwasserstadt.