Juli, 1995: Sieben Jahre sind vergangen seit Donnie Darko tödlich verunglückt ist. Seine nun volljährige Schwester Sam (Daveigh Chase) entflieht zusammen mit ihrer Freundin Corey einem Elternhaus, das verlernt hat, seine Kinder zu lieben. Auf dem Weg nach Los Angeles bleibt ihr Wagen mitten im Nirgendwo liegen. Doch ein Meteoriteneinschlag scheint alles in dem ruhigen Städtchen zu verändern.

Kleine Kinder verschwinden auf unerklärliche Weise, Sam wird von heftigen Visionen heimgesucht und ein Golfkriegsveteran prophezeit das Ende der Welt in nur 4 Tagen. Sie weiß, dass die besondere Gabe ihres Bruders auch in ihr steckt und nun liegt es nur an Sam die Welt vor ihrem Untergang zu bewahren. Der Countdown hat begonnen.