The Boxtrolls spielt in Cheesebridge, einer noblen Stadt geprägt von Reichtum, Qualität und feinem Käse. Doch unter ihnen lauert das Böse. Nachts, wenn es niemand erwartet, steigen die Monster aus ihrer Kanalisation heraus um sich das zu holen, was den Bewohnern am liebsten ist – allen voran: ihr Käse! Zumindest besagt dies die Legende, doch die Wahrheit ist eine völlig andere…