Die Verfilmung zu Ghost in the Shell spielt in einer düsteren, futuristischen Zukunft. Technologie und Chirurgie sind inzwischen so weit fortgeschritten, dass viele Menschen Teile ihres Körpers durch künstliche Bestandteile ergänzen oder sogar ersetzen lassen, um auf diese Weise bestimmte Fähigkeiten zu verbessern und sich neue anzueignen – mit unabsehbaren Folgen. Sogar das Gehirn lässt sich durch ein Cyberbrain ersetzen, das fortan mit Daten gespeist werden kann. Verpackt in einer Biokapsel stecken in jedem Cyborg menschliche Gehirnzellen mit dem Geist, der die Identität enthält. Umso bedrohlicher ist das Auftauchen eines unbekannten Hackers, genannt Puppet Master, der die Sicherheitsbarrieren der Shells zu überwinden vermag und auf diese Weise die Gehirne der Cyborgs mit falschen Informationen speisen kann. Um dies zuv verhindern, wird die Sektion 9 des japanischen Geheimdienstes auf den Puppet Master angesetzt…